歴代ドラゴンクエストシリーズにおいて、「とうぞくのカギ」「まほうのカギ」「さいごのかぎ」という3段階のセキュリティシステムは探索の醍醐味として定着しています。ドラクエ4 魔法の鍵 盗賊の鍵と最後の鍵の関係性において、本作は上位の鍵が下位の鍵の機能を完全に内包する仕様となっています。最後の鍵を手に入れた時点で、持ち物欄から以前の鍵を預かり所へ送っても何ら支障はありません。
プレイヤーコミュニティの間で長年語り継がれているのが、ガーデンブルグ城での「人質選定」をめぐるドラマです。SNSやゲーム掲示板の検証記録を振り返ると、初見プレイ時に主力アタッカーや回復役を預けてしまい、バコタ討伐の難易度を自ら跳ね上げてしまったという声が多数見受けられます。
「トルネコを牢屋に残して戦力低下を防いだ」「メイン回復役のクリフトを預けてしまい洞窟で全滅しかけた」といった体験談は、限られたリソースと仲間編成を管理するRPG特有の緊張感を生み出していました。人質にしたキャラクターはバコタ撃破後に無傷でパーティへ復帰するため、戦闘で使わない待機メンバー（第5章中盤であれば育成の遅れている仲間など）を指名するのが定石とされています。
