だが、公式報告書で提示されたストーリーに対し、専門家や元パイロット、機体研究者の間からは異論が拭えなかった。特に議論を呼んだのが、爆発的減圧の程度と機内の状況に関する整合性だ。
仮に圧力障壁が直径数メートル規模で破綻した場合、客室内の気圧は急速に低下し、激しい白い霧の発生とマイナス数十度に達する猛烈な低温、そして乗客の意識障害が即座に起こるはずだった。しかし、奇跡的に生還した生存者の証言や、墜落直前まで客室内で撮影されていた写真、さらには乗客が遺した遺書の手書き文字の鮮明さは、致命的な減圧が起きていなかった可能性を示唆していた。機長たちのボイスレコーダー（CVR）に残された異常音の周波数解析を巡っても、外部からの物理的衝撃音の可能性を指摘する声が長年消えていない。
