横浜臨海部（磯子・桜木町・関内）を経由して東京・大宮方面へ直通する根岸線は、大船駅が南側の起点・終点駅となっています。そのため、上り列車はすべて当駅始発として運行されるのが最大のメリットです。
早朝の大船駅における根岸線の始発時刻は午前4時台から設定されており、早朝出勤や羽田空港・東京駅への早朝アクセスにおいて極めて重宝します。また、深夜の大船駅の終電運行状況としては、都心からの東海道線・横須賀線下り最終電車が午前0時台後半に到着する接続体制が敷かれています。
国際アクセスを担う大船駅の成田エクスプレス停車駅運用にも注目です。大船駅は成田エクスプレスの発着拠点駅の一つであり、朝夕を中心に成田空港行きの直通特急が発着します。重い荷物を持った海外渡航時でも、乗り換えなしで空港第2ビル・成田空港駅へ直行可能です。
