芦ノ湖を縦断するクルーズ航路は、桃源台港を起点に「箱根町港」および「元箱根港」を経由して再び桃源台港へと戻る三角ルートを描きます。箱根町港と桃源台港を結ぶルートの所要時間は片道約25分〜30分、箱根神社の大鳥居を湖上から拝める元箱根港までの所要時間は約35分〜40分（経由地含む）となっています。
箱根海賊船の桃源台港発時刻表は、通常ダイヤでおよそ30分〜40分間隔で運航されています。ただし、季節や気候条件によって最終便の繰り上げや臨時便の増発が行われるため、事前の確認が欠かせません。また、芦ノ湖周辺は濃霧や突風が発生しやすい山間部特有の気候です。安全確保のため急遽運休となる場合があるため、当日の朝は公式サイトで箱根海賊船のリアルタイム運航状況を必ずチェックしておくことを推奨します。
